- Khai sai các tiêu chí trên phần mềm VNACCS: có một số tiêu chí có thể chỉnh sửa bổ sung nhưng có một số tiêu chí không thể chỉnh sửa bổ sung mà phải khai lại tờ khai mới; dẫn đến việc thông quan làng hóa bị chậm trể. Đặc biệt nếu tờ khai đã được đóng thuế thì phải mất thời gian điều chỉnh thuế rất lâu.
- Áp mã số hàng hóa (HS code) chưa chính xác: do chưa nắm rõ nguyên tắc áp mã theo quy đinh. Có 1 số loại hàng cùng có mô tả ở nhiều nơi khác nhau trong biểu thuế có thể với thuế suất khác nhau gây lúng túng cho người khai hải quan. Nhưng theo nguyên tắc mã số của hệ thống hài hòa (mã HS code) thì mỗi loại hàng hóa chỉ có một mã số duy nhất – vậy vấn đề ở đây là phải tìm cho được mã số phù hợp cho mặt hàng đó. Tâm lý của chủ hàng là áp vào mã HS code có thuế suất thấp nhất nhưng quan điểm của hải quan thì ngược lại – áp vào mã HS code có thuế suất cao nhất, do đó người khai hải quan cần có kiến thức chuyên môn để chứng minh việc khai báo của mình.
- Các lỗi trên chứng từ:
- Các thông tin trên bộ chứng từ không khớp nhau: sai lệch về điều kiện giao hàng, số lượng, trọng lượng, các lỗi chính tả,… Đòi người khai hải quan phải kiểm tra kỹ bộ chứng từ xem sai sót đó do đâu – thông báo cho các bên liên quan để có sự điều chỉnh đúng trước khi khai hải quan
- Các lỗi thường gặp trên C/O: trị giá trên C/O luôn ghi trị giá FOB thể hiện bằng đồng USD nhưng 1 số trường hợp lại ghi trị giá khác (EXW, CNF, CIF,…) theo như trị giá trên hợp đồng và invoice, mặt hàng gồm nhiều chi tiết nhưng trên C/O thể hiện không đủ, thiếu chi tiết. Trong trường hợp C/O được phát hành bởi bên thứ ba (third party) thì số invoice phải là số của invoice do bên bán hành (seller) chứ không phải số invoice của người gửi hàng (shipper) phát hành, và phải được đánh dấu (tick) vào ô “Third Party Invoicing”,… Nếu có các lỗi trên thì C/O sẽ bị bác, không được xem xét chấp nhận.
- Ngoài các lỗi về chứng từ, còn có thể gặp các lỗi khác khi kiểm tra hàng hóa như: cont bị sai seal; hàng hóa không đúng chủng loại, thiếu hoặc dư số lượng; không có tem nhãn, hoặc thể hiện xuất xứ, ngày sản xuất, hạn sử dụng không đúng hoặc không có,… người khai hải quan cần có kinh nghiệm để xử lý các tình huống này theo cách nhanh nhất, tránh phát sinh những chi phí không đáng có và có thể mất thời gian rất lâu để bổ sung làm chậm quá trình thông quan hàng hóa.
- Trong quá trình lấy hàng có thể gặp trường hợp tình trạng hàng hóa bi bất thường (thường là hàng lẽ – LCL) như: kiện hàng bị móp méo, bể vỡ, có dấu hiệu bị khui mở bất thường,… đòi hỏi người khai hải quan phải kiểm tra và phối hợp kiểm tra với các bên liên quan để xử lý.
Nhìn chung quá trình thông quan hàng hóa thông qua trình tự các bước từ khâu tiếp nhận kiểm tra chứng từ, xin giấy phép, khai báo tờ khai, đăng ký kiểm tra chất lượng nhà nước, kiểm tra – kiểm hóa, lấy mẫu hàng hóa, chuẩn bị sắp xếp phương tiện nhận hàng, bổ sung kết quả kiểm tra nhà nước,… đòi hỏi người khai hải quan / người làm dịch vụ khai thuê hải quan phải có sự sắp xếp nhịp nhàng để toàn bộ quá trình được thực hiện trong thời gian ngắn nhất.